Dalam perjalanan selanjutnya, UM Buton terus melakukan pembenahan baik dari sisi sarana dan prasarana maupun penambahan peminatan jumlah program studi. Saat ini, UM Buton mengelola 7 fakultas yang terdiri dari 14 program studi yang keseluruhannya berjenjang strata satu (S1). FISIP UM Buton didirikan pada tanggal Tanggal 10 Juli 2001, dengan dikeluarkannya SK Dirjen Dikti Depdiknas Nomor 081/D/O/2001, perihal Ijin Penyelenggaraan program Studi Baru pada Universitas Muhammadiyah Buton jenjang Program Sarjana (S1) Program Studi Ilmu Pemerintahan.
Program Studi Ilmu Pemerintahan di akreditasi oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) pada tahun 2016. Hasil akreditasi Tahun 2016 BAN-PT menerbitkan Surat Keputusan No. SK 2890/SK/BAN-PT/Akred/S/XII/2016. tentang status akreditasi program studi Ilmu Pemerintahan Skor nilai yang diperoleh dari hasil visitasi yaitu 302, sehingga status akreditasi program studi Ilmu Pemerintahan yang diperoleh adalah B. Sedangkan Program Studi Ilmu Komunikasi Tahun 2017 dengan izin operasional SK. Menteri Ristekdikti RI Nomor 552/KPT/I/2017 tanggal 2 Oktober 2017 Tentang Izin Pembukaan Program Studi S1 Ilmu Komunikasi pada Universitas Muhammadiyah Buton.